Margarita Delgado nació en Madrid y se licenció en Ciencias Económicas y Empresariales en la Universidad Complutense de Madrid en 1986. Ingresó en el Banco de España en 1989 como técnico de supervisión y aprobó la oposición de inspector de entidades de crédito en 1991.
Entre 1993 fue jefa de equipos así como responsable de inspecciones in situ. Delgado fue nombrada directora de Inspección I del Banco de España, responsable de la supervisión de las antiguas cajas de ahorros, en abril de 2013.
Desde febrero de 2014, Delgado ha ocupado el cargo de directora general adjunta del Mecanismo Único de Supervisión (MUS). En este organismo ha formado parte de la Dirección General Microprudencial Supervisión I.