La contabilización exige que los gastos aparezcan reflejados contablemente en la cuenta de pérdidas y ganancias del ejercicio, o en una cuenta de reservas si así lo establece una norma legal o reglamentaria, para que tengan la consideración de deducibles. No obstante, existe una excepción que permite deducir un gasto aunque no se haya contabilizado: es el caso de los elementos que puedan amortizarse libremente o que gocen del beneficio de la amortización acelerada, en ciertos casos (arrendamiento financiero, empresas de reducida dimensión).
La justificación del gasto es un requisito imprescindible para poder deducir el mismo. Ahora bien, el problema es determinar qué tipo de prueba se entiende suficiente. El criterio administrativo se inclina básicamente por la prueba tasada, de forma que no serán deducibles los gastos y minusvalías que carezcan del soporte documental legalmente exigible: factura completa, recibos, nóminas, escritura pública, etcétera. Sin embargo, otro sector preconiza la libertad de prueba, que permite utilizar cualquier medio de prueba admitido en derecho, de acuerdo con lo dispuesto la Ley General Tributaria.
La imputación al periodo exige que el gasto contabilizado se pueda imputar al periodo impositivo por ser éste el ejercicio en el que se ha devengado el gasto. Con carácter general, son aplicables los criterios de imputación contable, principalmente el del devengo, que significa que la imputación de los ingresos y los gastos deberá hacerse en función de la corriente real de bienes y servicios, con independencia del momento en que se produzca la corriente monetaria o financiera derivada de ellos.
Por otra parte, aun cumpliéndose estas tres premisas, todavía existen determinadas partidas que no tendrán, en ningún caso, la consideración de deducibles en el IS. Estas partidas son: