Pero el modelo familiar más popular de ŠKODA fue el OCTAVIA COMBI. El primer prototipo se creó en septiembre de 1959 y, un año más tarde, el vehículo atrajo un interés considerable durante su estreno en Brno. De 1961 a 1971, 54.086 unidades salieron de la planta de Kvasiny. El coche también tuvo demanda en el extranjero. En 1966, el 72% de todos los coches familiares producidos se destinó a exportación. A partir de 1997, la primera generación moderna de los modelos OCTAVIA COMBI dieron continuidad a este éxito.
En primavera de 1959, empezaron en Mladá Boleslav las preparaciones para el modelo ŠKODA 1000 MB, una de las mayores innovaciones tecnológicas de la historia de la compañía, que en esa época contaba con 65 años de antigüedad. La construcción basada en un marco de bastidor fue sustituida por una innovadora carrocería autoportante. Además, la compañía rechazó el clásico diseño con motor delantero y tracción trasera y desplazó todo el motor hacia la parte trasera - un concepto que, a principios de los 60, era muy moderno en todo el mundo. Al mismo tiempo, la planta de Mladá Boleslav se dotó de nuevas instalaciones productivas de última tecnología al nivel de los más altos estándares internacionales. En abril de 1964, el primer modelo de tipo sedán del 1000 MB salió de la línea de producción. Con la ayuda de las plantas de Kvasiny y Vrchlabí, la producción total de ŠKODA prácticamente se cuadriplicó en tan solo diez años, entre 1963 y 1973 - de 42.550 a 162.208 unidades anuales.
El Proyecto 990 NOV (nový osobní vůz - nuevo turismo) lideró el camino hacia la producción del ŠKODA 1000 MB. Su desarrollo empezó en 1959 en Mladá Boleslav y, en octubre de 1961, se había producido una serie de cincuenta prototipos. Además de diversas variantes de la carrocería del sedán de cuatro puertas, también se trabajó en versiones de cuatro puertas alternativas sin pilar B superior, similares al ŠKODA 1000/1100 MBX de serie que se lanzaría más tarde. También se creó un prototipo conocido como ŠKODA Type 990/991 Roadster, con 2+2 asientos y motor trasero. En febrero de 1963, se completó la conversión del 34º prototipo de la serie NOV, que incluía un total de cincuenta vehículos. Un sedán con más de 31.000 kilómetros recorridos fue convertido en modelo familiar. Los diseñadores tuvieron que enfrentarse a la dificultad de montar el motor en la parte trasera, debajo del suelo del maletero. El motor de cuatro cilindros en línea se posicionó horizontalmente, con el cabezal a la izquierda. Esta posición de montaje recibió el apodo "Hajaja", que era el nombre de una serie de cuentos para dormir que podían escucharse en la radio de la época. A la derecha del motor, se situó un refrigerador de agua porque, a diferencia de modelos similares diseñados por competidores extranjeros, los modelos ŠKODA no contaban con refrigeración por aire.
La zona de carga era accesible a través de un portón que se abría hacia arriba y se fijaba en posición abierta con un puntal de metal. El modelo de 4.150 mm de largo, 1.620 mm de ancho y 1.400 mm de alto podía transporta objetos de hasta 1.600 mm. Su distancia entre ejes de 2.400 mm se correspondía con la de un sedán estándar. La posición del motor, detrás del eje trasero, dejaba espacio para un segundo compartimento de equipaje delante del vehículo, que al mismo tiempo servía de zona deformable. Tras deducir el peso de cuatro personas de 75 kg cada una de la capacidad de carga de 380 kg, quedaban 80 kg para el equipaje. El peso sin carga, de 811,5 kg, descansaba sobre el eje trasero en un 61%, aunque esta cifra baja hasta el 59,5% una vez totalmente cargado.
Durante su programa de pruebas de tres semanas, durante el cual el prototipo completó cerca de 7.000 km entre mayo y junio de 1963, se registró un consumo de 7,6 litros por cada 100 km a una velocidad media de 74 km/h. El motor de cuatro cilindros, con un desplazamiento de 988 cc y una potencia de 42 CV a 4.650 rpm, aceleraba el "Hajaja" hasta alcanzar una velocidad punta de 115 km/h. Las ventajas del vehículo incluían su espacioso interior y su generosa cantidad de espacio en los dos compartimentos para el equipaje. Sus puntos flacos eran la complejidad del montaje del motor debajo del suelo del maletero, que dificultaba considerablemente el mantenimiento. También había problemas con la refrigeración del motor de cuatro cilindros debido a la limitada cantidad de espacio disponible. Este fue uno de los motivos por los cuales se decidió no incluir el coche familiar en la gama de modelos. En vez de eso, ŠKODA se centró en lanzar la producción en serie del enormemente exitoso sedán, el 1000/1100 MB. Entre 1964 y 1969, se entregaron 440.639 unidades de este modelo a los clientes. El único derivado del sedán de serie fue el atractivo modelo 1000/1100 MBX de dos puertas y sin pilares B (1966-1969: 2.517 unidades entregadas). Debido a la demanda de un modelo familiar práctico, el OCTAVIA COMBI fue producido hasta 1971.
El único prototipo del ŠKODA Tipo 990 "Hajaja" que llegó a producirse es ahora una pieza de la exposición del Museo ŠKODA de Mladá Boleslav.